ذيمقراطيس ، افلاطون ، ارسطو ، فورفوريوس و به كرات اثولوجيا مورد بحث و بررسى قرار گرفته است . از ويژگىهاى مثبت حكيم مؤسس توجه و نقل مستند آراء حكماى معاصر خود است . از حكيمان قرن سيزدهم آقا على آرا حكماى ذيل را فراوان مورد بحث و نقد قرار داده است : فارغ از آراء حكيم سبزوارى و پدرش ملا عبد الله مدرس زنوزى آراء ملا محمد اسماعيل درب كوشكى اصفهانى بيشتر از ديگر حكيمان مورد عنايت و بحث آقا على بوده است . در درجهء بعدى آراء ملا احمد اردكانى مورد نقد عالمانهء آقا على واقع شده است . ملا على نورى ، ملا محمد جعفر لاهيجى ، ملا محمد على نورى ، ميرزا حسن نورى ، ملا نعيما طالقانى ، ملا رضا تبريزى ، ملا مصطفى قمشه‌اى مصطفى الحكماء از جمله حكيمانى هستند كه آرائشان به نحوى مورد نقد و بحث آقا على واقع شده است . از ميان عرفاء آقا على به آراء شيخ اكبر محيى الدين عربى ، صدر الدين قونوى ، كمال الدين عبد الرزاق كاشانى و عبد الرحمن جامى استناد كرده است . در تفسير قرآن ، تفسير مورد اتكاء و استناد آقا على تفسير صافى ملا محسن فيض كاشانى است . در استناد به روايات ، نهج البلاغه ، كافى ، كتب شيخ صدوق ، احتجاج طبرسى منابع مورد اتكاى آقا على هستند . هرچند روايات عالية المضامين كه در جوامع رايج روايى به چشم نمىخورند نيز مورد استفاده واقع شده است . در مباحث اصول فقه غير از آراء استادش ميرزا حسن آشتيانى ، به رأى صاحب معالم نيز استناد شده است . اشعار حافظ ، مولوى ، شيخ محمود شبسترى ، سعدى و فياض لاهيجى در آثار آقا على به چشم مىخورند . آقا على معمولا صراحتا از صاحب رأى استنادى نام مىبرد ، اما در مواردى ضمن استناد به نظريات اساتيدش از ذكر نام آنها خوددارى كرده ، به احتمال قوى در موارد ياد شده مراد ملا آقاى قزوينى است . متأسفانه آثار حكماى قرن سيزدهم منتشر نشده تا بتوان در اين زمينه نظر قطعى داد . مقايسهء ميزان استنادات آقا على مدرس به آراء ديگر حكما با ميزان استنادات حكيم سبزوارى نشان مىدهد كه حوزه تتبع و مراجعه حكيم مؤسس به مراتب